Per iniziare devi occuparti della melanzana quindi tagliala a cubetti, mettila in un colino e cospargila con mezzo cucchiaino di sale lasciandola riposare per circa 20 minuti così che perda il liquido amaro. Una volta trascorso questo tempo asciugala bene con un panno pulito o della carta assorbente.
Prendi una padella capiente, scalda tre cucchiai di olio a fuoco medio e cuoci la melanzana girandola di tanto in tanto per circa 10 o 15 minuti finché non diventa tenera, poi trasferiscila in una ciotola capiente e tienila da parte. Nella stessa padella aggiungi un altro cucchiaio d'olio e scotta le zucchine per 3 o 5 minuti finché non sono tenere ma ancora sode, sala leggermente e uniscile alle melanzane. Ora versa un altro cucchiaio d'olio e aggiungi la cipolla insieme al peperone facendoli appassire per 5 minuti, poi unisci l'aglio e un pizzico di sale continuando la cottura per altri 10 minuti finché tutto non sarà molto morbido.
A questo punto aggiungi l'ultimo cucchiaio di olio, i pomodori, il peperoncino e lo zucchero lasciando cuocere per circa 8 o 10 minuti finché i pomodori non iniziano a sfaldarsi creando una sorta di salsa. Per concludere rimetti nella padella la melanzana e le zucchine, versa l'aceto, aggiungi il timo, il sale, il pepe e prosegui la cottura per altri 10 o 15 minuti finché la ratatouille non risulterà densa e ben amalgamata. Spegni il fuoco, incorpora il basilico fresco, aggiusta di sale se necessario e servila calda o a temperatura ambiente con una guarnizione di basilico extra.